「鎖国は果たしてあったのか」「日本の専制君主はいたのか」「なぜ日本は明治維新に成功したのか」など、下巻では、戦国時代から江戸幕藩体制、幕末に至るまでの動と静の歴史の中から、現代日本に通ずる事柄や人物の背景・思想を克明に解き明かす。明治の急速な近代化の必然性と、現在の経済大国日本を生み出した日本人の行動原理を、日本人自身がたどってきた悠久の歴史に求めた、“山本日本学”の完結篇。

第３部　名の代・西欧の衝撃（土一揆・一向宗・キリシタン
貿易・植民地化・奴隷・典礼問題
オランダ人とイギリス人
「鎖国」は果たしてあったのか
キリシタン思想の影響）
第４部　伊達千広の現代（家康の創出した体制
幕藩体制の下で
タテ社会と下剋上
五公五民と藩の経営
幕藩体制下の経済
江戸時代の技術
江戸時代の民衆生活
江戸時代の思想―民間学者の出現と御用思想の危険
現代日本人の原型―宗教批判、無神論、進化論、地動説
現代日本国の原型）
エピローグ　明治維新の出発点