かつてこの国には、人の暮らしから生まれ、人と共に生きた神がいた。九十九神―永く使われた道具に込められた想いが、具現化した存在。だが幕末、異人の黒船が日本を強襲。国を護る侍たちは、九十九神と力を合わせて戦ったが、激戦の果てに遂に敗れ、国は異人に奪われた。そして時は流れ、明治五年。荒廃した日本を再建するため、一人の少女が立ち上がる。元幕府将軍家の姫・立華。天性のカリスマを持つ彼女と、役目を失った『刀の九十九神』が出会う時、歴史は再び動き出す。