Ａ．Ｄ．２０１２―処分されようとしていた少女型ヒューマノイド「二号機」を匿うため、「佐原」は北海道行きのフェリーに乗っていた。港には「二号機」を見送る「天本」の姿があった…。Ａ．Ｄ．２５０１―「ココロシステム」の捜索をしていた「乙（レン）」は、「二号機（リン）」を見つけたものの、敵による爆撃を受け意識を失った。その後、損傷し、瓦礫に埋もれた乙を、一人の男が見つけ出し、手を差し伸べるのだった…。ボカロノベル『ココロ』待望の続編登場！

研究者、ロボット、そして「ココロ」。「ココロシステム」を巡るヒトとロボットの温かくどこか寂しい物語が再び動き出す。