西暦２１××年。人類と進化したロボット「レプリロイド」が共存する平和な世界で、突如、史上最強のレプリロイド「シグマ」が平和を脅かす「イレギュラー」と化し、人類への反乱を宣言した。犯罪者を取り締まる警察組織「イレギュラーハンター」に所属する「エックス」は、特Ａ級ハンター「ゼロ」と共に、シグマ率いる反乱軍に立ち向かう事を決意する。イレギュラーとは何か？英雄「ロックマン」とは？「おれは、イレギュラーハンターだから」伝説は「禁断の地」からはじまった…。