ある夏の日、しんのすけはシロと散歩中に男の子を助ける。実はその男の子は人間に化けた妖怪のまめ太だった。その頃、日本各地では奇妙な怪奇現象が目撃され、ニュースになっていた。そんななか、しんのすけ一家は秋田のひろしの実家に帰省する。盛大な花火大会を楽しみにしていたしんのすけたちだが、帰省した翌朝、「おばけーしょん村」のチラシに誘われて、山奥の奇妙な空間に迷いこんでしまう。そこは、人間が立ち入ることを禁じられた「妖怪の国」の入口だった。おしりだまを抜かれて、ひろしとみさえは妖怪になってしまい、一家は大ピンチ！まめ太ら妖怪の仲間たちの助けを借りて、おしりだまを取り戻しに、妖怪の国の城にむかうのだが…。はたして、しんのすけたちは無事に人間界へ戻ることができるのか？小学中級から。