夜の翼たちに連れ去られたスターフライトは、仲間―クレイ、ツナミ、グローリー、サニー―と遠くはなれ、もうひと組の〈運命のドラゴンの子〉と出会う。心配性な優等生、ナイトウイングのスターフライトは研究者である父親に会い、うれしさに身ぶるいするが、とらえた雨の翼をおそろしい実験に使う裏の顔を知ってショックを受ける。予備の子たちとどちらが〈運命のドラゴンの子〉にふさわしいか―モロウシーアのきびしい試練がふりかかる中で、なぞにつつまれていた女王の存在と、レインウイングを襲う計画を知ったスターフライトは、大好きな仲間を助け、再会できるのか？