西暦11941年。『機械生命体』によって侵略された地球を取り戻すため、真珠湾降下作戦で降下した「ヨルハ」部隊であったが、地上へ辿り着けたのはわずか４人。司令部に作戦中止を進言するも却下され、それでも作戦遂行を目指す彼女たちは、機械生命体との戦闘の最中、二百年前に地球に投下していた部隊のレジスタンスたちに助けられる。当初、レジスタンスから敵対視されつつも、互いの事情を理解し合う中で、作戦遂行のために、共に協力することになるが…。ヨコオタロウ原作・監修による「NieR:Automata」と世界観を共有する音楽劇の完全コミカライズ第２巻!!