人類とギアとの死闘、聖戦。百年の長きにわたって続いたその戦いは、あまりにも多くのものにその爪痕を残した。そう、一人の青年の心にも…青年の名はチップ。シノビの技を身につけ、未来へ向かって走り続ける男。その行く手に現れるのは、Ａ国大統領である一人の少女と、暗殺者組織の刺客たち。三つの出会いが波紋を呼び、今、世界の歴史が変わる…。