砂に覆われた不毛の惑星。人類は科学文明の粋を集めた巨大な塔の中で暮らす人々と、過酷な自然の中で暮らす人々に二分されていた。砂漠の巨大な生物【鯨】と戦う鯨獲りの少女・ミルファの危機を救ったのは、空から降ってきた少年・那取洋だった。徴兵から逃れるために塔を脱走した洋は、斃れた鯨の腹の中から謎の少女・いさなを発見する。捕鯨船の一員となった洋を追って動き出した塔の軍に追い詰められ、いさなの秘められた力が覚醒する――。荒廃した大地の王者となった巨大な鯨と、砂漠の海をたくましく生き抜く人間たちを描いたファンタンジー巨