2061年、大手軍事企業「鉄血工造」の戦術人形たちが突如暴走。人類に反旗を翻した。AR-15の犠牲により窮地を脱したAR小隊は反撃を挑むも鉄血のボス・エルダーブレインと交戦の末、M4A1は昏睡状態に陥る。小隊崩壊の危機の中、16LABから送り込まれたＡＲ小隊の新リーダー・ＲＯ635は再起を図ろうとするのだった───。