天才イケメン科学者、ヤング・アマカタ博士とタイムマシンクラブは、事件のナゾにせまる！ドクター・ブラックがひきいる悪の一味、ブラックホール団の魔の手もせまる！またもや町から、だいじなものが消えてしまった。秘密兵器をくりだして、追跡、追跡、また追跡！タケルたちがつきとめた敵のアジトで、おどろくべき「事実」が発見される。ゴロゴロゴロッという音の正体は、なんだ？その直後、時空をこえて２６年も過去に飛んだタケルのパパから、メッセージがとどいていた。いったい、どうやって？事件はふたつの「時間」の間で起きているのだ。