２００４年、日本列島は地殻変動により沖縄、南西諸島を残しその姿を没した。２０１３年、科学の粋を結集した時航機『やしま』は、過去に遡り日本の歴史を変えるべく３人の男を乗せて太平洋戦争直前の１９４１年に飛び立った。３人は山本五十六の信頼を得、太平洋戦争の歴史を次々と塗りかえていった。連合艦隊は『大和』『武蔵』を中心とした高速超機動部隊を編成、ミッドウェー、ハワイを強襲占領、パナマ運河の破壊、『富岳』による米国本土爆撃と容赦なく攻め立て、１９４３年遂に日米は休戦に至った。大西洋より帰還の途中『大和』はＵボートの攻撃を受けた際、時航機２号『天龍』の作動と相まって２０１５年へタイムスリップしてしまった。２０１５の世界で『大和』はイージスシステムを持った戦艦空母へと変身し、２０１４年のドイツ第三帝国と雌雄を決すべく、再び時空を超えて新たな戦いの旅立ちを迎えるのだった。