太平洋戦争時代にタイムスリップしてしまった平成の総理大臣小泉健太郎は、東条英機に憑依して、なんとか日米和平交渉にこぎつけたが、アメリカ本土では、日系人による不可解な暴動が相次いでいた。それは陸軍のマーシャル参謀総長たちの陰謀だった。そんなさなか、日米講和を推進するルーズベルト大統領が急死する。連合艦隊司令長官山本五十六は、日米講和条約調印式のためサンフランシスコに到着したが、彼を迎えたトルーマン新大統領は、驚天動地の謀略を図った。ヨーロッパではヒトラーが暗殺され、国際政治は風雲急を告げる。東条総理はハワイ返還を決定し、日本占領軍の撤収を開始させたが、万全の準備を整えたアメリカ海軍の大艦隊がそのハワイを襲う。休戦条約は破られ、日米は第二次太平洋戦争に突入する。果たして小泉健太郎と時空戦艦『やまと』の運命は！？戦記シミュレーションの巨匠、草薙圭一郎が夢と想像力を駆使して活写する超弩級スペクタクル。

アメリカ軍の陰謀の為、日米講和はならず再び戦端は開かれた。歴史のゆがみを正す為に「大和」は戦う。