新造空母大鳳を旗艦とする第一機動艦隊と菊水部隊は、メガロドン（巨大ザメ）の出現という僥倖にも助けられマリアナ決戦に勝利。アメリカの太平洋侵攻作戦を中断に追い込んだ。だが米軍はマリアナ海戦での敗因を分析し、爆雷イルカの攻撃を阻止する対抗策を案出。１９４４年２月、艦隊を再編した米太平洋艦隊は、再びサイパン・グアム攻略に乗り出す。菊水部隊の攻撃を防いだアメリカ軍はマリアナに殺到。激しい航空戦の末、ついに両軍は戦艦同士の打撃戦に突入した。だが大和、武蔵とアイオワ級戦艦三隻の激闘は痛み分けに終わり、結局マリアナは陥落してしまう。敵が次に狙うのは硫黄島と沖縄。後がなくなった日本は本土決戦を覚悟する。だがそんな中、軍令部の黒島少将は、秘かに独自の反攻作戦を発案。菊水部隊を利用した前代未聞の奇策で、アメリカ侵攻軍を撃滅すべく動き出した。