１９９９年１０月、あの“敷島英二”率いる宗教団体、シャンバラ教団が軍事クーデターを起こし、首相官邸や陸海空軍基地が一斉に制圧されてしまう。その１か月半後、臨時日本政府は戦艦大和を総旗艦とする、新設された日本連合艦隊の出撃準備を整え、首都奪還と北海道上陸といった二つ枝作戦をついに実施する！世界最大の海域制圧艦として生まれ変わった戦艦大和は、首都奪還をめざし、小笠原諸島沖を北上するのだが…。房総沖で繰り広げられる激しい海戦を制するのは！？そして、地球に迫りくる小惑星トータチスの衝突は阻止できるのか！？人類の未来を賭けた最後の戦いが幕を開ける！