昭和１９年３月、米軍の奇襲により始まった日米戦。日本は硫黄島沖で米主力艦と激突し壊滅的な被害を被ってしまう。海軍兵力を失った日本は、米軍を本土で迎え撃つことを決断。急遽、九州各地で要塞化が進む。そんな中、海上を埋め尽くすほどの米艦隊による未曾有の一大上陸作戦が始まった。日本陸海軍も特殊潜航艇『海燕』や新型戦闘機、さらに精強近衛師団による水際迎撃作戦で善戦するも、数にまさる軍米に徐々に押し込まれていく。そんな時、戦略物資や新兵器を満載した遣独艦隊がジャワ近海で発見されてしまう。日本海軍は、本土決戦に必要な決戦兵器を手にするため、唯一の機動兵力となった第一航空艦隊を救出に向かわせるのだが…。