雷公、風伯、桜姫―。その幼い少女は、人よりも怪しのものたちに親しむ日々を送っていた。日本を守護する神器のうち「勾玉」を司る八坂家の少女・千尋。彼女は生まれながらにして怪異の者どもの力を増す異能を持ち、それゆえに人よりも自然霊や付喪神たちの愛着を受け、そしてまた、力を得ようとする怪異たちにつけ狙われる境遇にあった。「剣」を司る草薙家の後継者・真幸は千尋の過酷な宿命を知り、彼女を護ることを決意する。しかし、その周囲では、各々の思惑を秘めたさまざまな勢力が蠢動を始めていたのだった。霊異を祓う少年と、霊異と親しむ少女が織りなす、現代異能ファンタジー、開幕。