聖クレス学園を襲った敵を退け、学園の生徒達にも受け入れられ始めた大和一哉は、ようやっと前向きに学園での生活を楽しめるようになっていた。未熟な自分の現状を受け入れ、そんな自らを高めるために、切磋琢磨を続ける一哉。また、それはそれとして、可愛い同級生や素敵な先輩方との交流にも、大変心躍る毎日なのであった。だが、そんな一哉の前に、古森羽月と名乗る見慣れぬ先輩が現れる。実際の対外任務にも出ていたという彼女から受ける一方的な敵視に一哉は戸惑うばかり。しかし、彼女自身も何か特別な目的を持って校内で活動しているようで…。