“ハンドレッド”―それは地球を襲う謎の生命体“サベージ”に対抗できる唯一の武器。主人公如月ハヤトは、そのハンドレッドを用いる“武芸者”を目指すため、海上学園都市艦“リトルガーデン”に入学を果たす。だが―「会いたかったよ、ハヤトっ！」「お、お前は一体…？」なぜか自分のことをよく知る（？）ルームメイト、エミール・クロスフォードに、どこか懐かしい違和感を覚えるハヤト。さらに入学早々、学園最強の武芸者“女王”クレア・ハーヴェイから決闘を申し込まれてしまい…。