人間の生命エネルギィを原動力として動く人型機動兵器“メロディ”、それは人の心と命を使いつぶす。アギス軍、サムリエ軍の双方から追われる身となったクッキィとレイは、合流したブラッドとともに新品のメロディを狙う。そこに超大型爆撃機とともに現れる新しいフラン。そしてフランたちのリーダーであるシオン・ハーツまでもが姿を現し、クッキィにある誘いをかける。