「わたくしを殺すのは、きっと普通の人間でしょう」アギス軍を支配するシオン・ハーツは、サムリエの撃滅を宣言！両国の大決戦が秒読み段階に！クッキィの母親であり、メロディ開発者でもあるメロディ・ハーツの軍に身を寄せているクッキィとレイは、サムリエ軍のソフィとの共同戦線を張ることになる。サムリエからの帰路、アギス軍の急襲に合うクッキィたち！「…マインドピアス」彼女たちに、特殊部隊スカーレットムーンの副隊長になったレイの幼馴染み、エリィが立ちはだかる！愛憎の交錯する砲火の空―疾走する空戦と恋の旋律、第３弾！