最強魔法士と魔導戦艦を名乗る少女の出会いが、世界を変える！　全てを灰燼と化す力を得た少年の学園バトル・マギカ開幕！　「俺は『硫黄島の悲劇』の生き残り。スパイ疑惑をかけられている」　魔法を基盤に発展した日本によく似た国家、煌国は、時空の歪みを通り抜けて来た軍隊と戦争状態にある。この世界にない兵器を扱う彼らは模倣人と呼ばれていた――。模倣人に捕らわれていた少年、咲良誠は、彼らの実験で強大な魔力値を得て生還。裏切り者がいると考えた誠は、海上学園に再入学する。世界を守るため、過去に決着をつけるため、誠は裏切り者を捜す。そんな誠の前に、ヤマトと名乗る謎の少女が現れ、助力を求めてきた。現代兵器に侵略されている異世界。全てを灰燼と化す力を得た少年の学園バトル・マギカ開幕！