多層構造海上枢機都市ハーモニカ。闇生物から人類を守るために東京湾海上に建造された防衛の要。その退闇校の生徒、玖珂狛矢は調査活動中、闇生物に襲われたところを助けた少女、四十崎士央と、とある事情で奇妙な同居生活を始めることに。そんな中、次第に明らかになる士央の秘密。彼女の体に隠された、人類と闇生物の戦いを左右する驚愕の真実とは。