人が結晶化する病が蔓延し、崩壊の一途を辿る日本。少年少女たちを率いて日々を生き抜く少年・奏多は天使のような神秘さを纏う少女・ノアと出会う。なぜだか奏多に執着し懐くノアは、実は治療不可の結晶化を完治させる神の如き力を持っていた！世界すら救い得るノアは数々の思惑と闘争に巻き込まれていく。そんなノアを守り抜く奏多は、やがて自身に秘められたノアにまつわる過去とその謎に直面し―滅びゆく世界で紡がれる新たなボーイミーツガールが始まる！