ラインハルト・フォン・ローエングラムは、「銀河帝国正統政府」なる旧勢力と、それを支援した自由惑星同盟を討つべく「神々の黄昏」作戦を発動した。フェザーン自治領を制圧し、自由惑星同盟領に艦隊を進めた銀河帝国軍は、敵の首都星ハイネセンに向けて進軍を開始する。ハイネセンからの訓令を受けたヤン・ウェンリーは、イゼルローン要塞の放棄を決定する。それは逃げるためではなく、起死回生の一手を打つためだった。アスターテ会戦、アムリッツァ会戦と続き、三度ぶつかるラインハルトとヤン。果たして、勝利の女神はどちらに微笑むのか―。