モルダーとスカリーがＦＢＩを去って１０年以上が経った。しかし、かつての上司スキナー副長官が二人を呼び寄せる。異星人によるアブダクトと政府陰謀の関係を証明する新たな証人が現われたと告げられる。動画ニュースサイトを運営し自らキャスターを務める保守派の陰謀論者、タッド・オマリーがモルダーとスカリーに協力を求めたいというのだ。ふたりは彼の案内で、異星人に誘拐された経験を持つという女性、スヴェタを訪ねる。彼女の話を聴いたモルダーは、これまで思いもしなかったある“真実”に気づかされることになる。モルダーたちは再び真実を追い始める…。