動画ニュースサイトのキャスター、タッド・オマリーが配信を再開し、異星人のＤＮＡに関する陰謀を告発した。その直後、モルダーが失踪。病院には、各種の感染症にかかった患者があふれ始める。スカリーは、かつて自分が異星人に誘拐された経験と、オマリーの告発に関連があることに気づく。全国民が何らかの方法で免疫機能を奪われ、どんな病原体にも抵抗がなくなったものと考えたスカリーは、治療法を探るべく行動を開始する。そこへ、“昔の友人”が現れ、意外な真実を告げられる…。