遺伝学者レナ・クランドールとローランド・ノヴァク神父は、クロアチアの洞窟でネアンデルタール人の遺骨らしきものと壮麗な壁画を発見するが、謎の一団の襲撃を受けて洞窟内に閉じ込められる。シグマフォースのグレイ・ピアースとセイチャンによって救出されたものの、遺骨は奪われてしまう。遺骨の謎を探るため、グレイたちはアタナシウス・キルヒャーという十七世紀の神父が残した手がかりを追う。一方、アメリカにいるレナの双子の妹マリアは、調査に訪れたジョー・コワルスキと飼育しているゴリラのバーコとともに、中国人の一団に拉致されてしまう。ネアンデルタール人の遺骨と北京で行なわれている謎の実験の関連は何なのか？物語の前日譚に当たる短編『ミッドナイト・ウォッチ』も収録。