上層の研究所では、世界が海に沈んでも人間が生きていけるように、人魚の胎内を居住空間とするハコブネの開発が行われていた。所長は人魚一号機として人間と共存しつつも、人魚二号機の司祭と反逆の機会をうかがっていた。そしてナギサは、その計画にハルカも加わっていることを知り、仲間のアトラダイバーと共に協力することを決める。自由と幸せを求める人魚の未来は――。カバー下には、おまけ4コマ×2＆あとがき漫画を収録！！