『主人公になれなかった俺と、魔法少女になってしまった君』幼馴染の芽依と、その彼氏・運動神経バツグンな親友の輝。かたや俺は何事にも熱中できない無気力な自分に嫌気がさしていた。ある日テニスの全国大会を控えた輝に誘われて夜の学校に肝試しに行くと、突然化物どもに襲われ、屋上に追い詰められてしまう！しかし謎の女性が現れ、魔法少女の力を分け与えられた芽依によって間一髪逃げ切ることができた。その女性が言うには、原因不明だが今後も俺たちは化物に狙われてしまう可能性があるとのこと。撃退する為に即席で魔法少女になった芽依へ魔力を注入する必要があるそうだが、その方法は予想もしていなかったもので―！？これは、二人の魔法少女とまぐわったひと夏の物語。