かつてその世界で魔法と最強を極め、“賢者”とまで称されながらも『魔法戦闘に最適な紋章』を求めて未来へと転生したマティアス。幸運にも最強の紋章を手に入れられたが、転生先の未来では魔法戦闘に最適な紋章が「失格紋」扱いされ、優れた魔法理論さえ退化させられていた。そこに魔族の陰謀を感じ取ったマティアスは、幾多の魔族の挑発を排し、古代文明時代の王グレヴィルを学園の教師に据えて無詠唱魔法復活の礎にすると、ガイアスを蘇生させて世界の脅威“壊星”を宇宙に還し、『破壊の魔族』ザドキルギアスをも退ける。今回、自らを地下迷宮に封印した「半魔族」の男レイタスの枷を解き、新たに学園の教師としたマティアスは、レイタスの身体から抽出した「理外結晶」を最強の武器にすべく、必要な鉱石を手に入れるため、エーテル・ドラゴンの待ち受けるマリナイト海域へと船を走らせるが―！？