ゾンビ波、ゾンビ玉の影響から壊滅的な被害を受けた商業都市ダスオンであったが、ロイエンタール侯爵の手腕とオイゲンの尽力により復興しつつあった。そんな折に『滅亡病』という働き盛りの若い人間にしか感染しない疫病が発生し、世界的に大流行してしまう。オイゲンは予防・治療薬を錬金して懸命に人々を助けていくが、隣国では滅亡病の変異種が生まれようとしていて―。ＮＴＲ錬金術師の心機一転ストーリー第２弾。