入学式を終え、新入生を迎えた学園都市。レイフォンの暮らすアパートにはフェリやニーナ、クラリーベルといった面々が引っ越してきて賑やかさを増す。仲間と過ごす毎日でレイフォンの傷も癒えつつあったが、ヴァティ―世界の敵であるレヴァンティンの正体を知るニーナとクラリーベルは、その強大な力を前に、無力感に苛まれていた。そんな中、ツェルニは新たな汚染獣の接近を感知する。偵察に向かった第十七小隊だが、思いもよらぬものを目にし―！「まだ、きっと何かが起こります」『世界の敵』となったツェルニを待つものは！？―。