宇宙は別次元から出現した星雲により、銀河系同士が交差するという大異変に見舞われていた。この異変の調査に向った宇宙戦艦ヤマトは、突如現われたディンギル帝国軍の攻撃を受ける。ディンギル帝国は地球侵略の手段として、回遊水惑星アクエリアスを誘導していた。46億年前の地球に水と生命を与えた星アクエリアスが今、大いなる脅威となり地球を水没させようとしている。ヤマトは帰ってきた偉大なる初代艦長・沖田十三のもと、最後の航海に旅立つ！ 圧倒的なスケールとドラマで、日本じゅうを沸かせ、涙させた傑作ＳＦロマン完結！