アクエリオンのパイロット候補生として聖天使学園に入学することになったアマタは、ミコノに想いをよせるがなかなか上手くいかない。そして学園に現れた不動ＺＥＮ総司令は男女共学になった学園生徒達にこう告げる。「恋愛禁止」と――!? 新たな敵が次々と街を襲来する中、アマタ達の恋の行方はどうなるのか!?