底知れぬ男、黒川謙がとうとう牙をむいた。合理的かつ合法的にＮＣＴ研究所へと侵攻していく黒川の軍勢。老人達はただ、黒川の動静を見守るしかなかった。その頃、黒川により逃げ場を失った闘真は焦りを感じていた。囚われの由宇に残された時間は限られている。その時、忽然と現れる人影。闘真はついに超越者と対面する。そして…。高々度上空に存在する飛行要塞フリーダム。そこに由宇はいた。遺産の情報を求め由宇へと迫る黒川。世界最高峰の頭脳ＶＳ冷酷な悪魔の息詰まる攻防の行方は―！？闘真と由宇。すれ違う想いは、再び相まみえることができるのか。