昭和一八年、トラック諸島に停泊中の連合艦隊司令長官・古賀峯一は、戦艦大和とともに謎の光に包まれ、令和の日本に時空転移させられる。一方、令和一五年の呉港に停泊中であった自衛隊の最新イージス艦「やまと」も、怪光に襲われ、艦長や乗組員のみならず周辺の港湾施設や基地とともに、昭和の日本へとタイムスリップをした。まさに驚天動地の出来事であったが、その裏には昭和日本と令和日本を同時に救わんとする国家の存亡を賭けた秘策が隠されていた。それぞれの世界で驚異的な装備を整え、出撃していくふたつの大和…。果たして日本の象徴とも呼ぶべき最強艦たちは、それぞれの時代の日本を救えるのか？