昭和と令和、それぞれの日本を救うべく時空転移した帝国海軍と自衛隊。戦艦大和はミサイルを装備し、中国の弾道ミサイル攻撃を阻止。現代日本では失われた武威の象徴としての役割を果たした。一方、昭和で米太平洋艦隊を相手どる自衛隊は、帝国海軍と協力し、米機動部隊を次々とすり潰していく。さしもの巨艦アイオワも、イージス艦と未来科学により強化された武蔵の敵ではなかった。追いつめられた米国は、未知なら兵器・原子爆弾に活路を見出そうとするが…。対して令和日本では、いよいよ中共海軍との最終決戦の火蓋が切って落とされる。果たして、歴史を改変すべく時空を超えた、それぞれの「大和」の運命やいかに！？