加賀百々は一見、神社でアルバイトをしている普通の女子高生だが、実は人々と神を繋ぐ「在巫女」見習いだ。実家を出て稲荷の神使・香佑焔と修行に励んでいる。ある日、百々は同級生から相談された怪事件を初めて解決するが、ほっとする間もなく、現当主で実の曾祖母でもある一子に本家に呼ばれ、「今後なにかあったら頼るように」と生活安全課の東雲天空を紹介される。寡黙で無骨な東雲に戸惑う百々だが、下宿まで送ってもらった矢先、近くの神社から不穏な気配を感じ、二人で向かうと―。