第１部　甲賀忍者誕生の背景と真実（甲賀の地の新風土記（古代編）―甲賀は古代文明の渦の中
甲賀の地の新風土記（中世編）―近江守護家佐々木氏の時代
甲賀忍者の誕生と活躍―第三者の目が見たもの
江戸時代の甲賀忍者―生業としての忍者
甲賀忍者の真実とは）
第２部　甲賀忍者に関する研究報告（甲賀武士望月氏の由緒について―甲賀武士望月氏は何時どこからやって来た
「神君甲賀伊賀越え」と甲賀武士―頑迷な「伊賀越え」信奉者に挑む
尾張藩甲賀者木村奥之助と「甲賀五人」―江戸時代に実在した甲賀忍者）