人類、荒鬼、海竜の三種族を巻き込んだ激闘から数ヶ月。平穏な日々を過ごしていたティルたちマッチメイカの元へ、ダブルイクスを越える機巧が開発されたとの知らせが舞い込む。開発した企業「ＴＰＩ」はティルの親友であるグリープの実家でもあり、ティルたちはその真意を探るべく動き始める。ＥＸ３の開発には正体不明の人物が関わっていることを突き止めたティル達は、ＴＰＩの開催するパイロット募集コンテストに潜入する。新たな敵が現れた時、三体のダブルイクスが真の力を発揮する！