新艦長を迎え戦闘演習中だったナデシコＢ艦のもとへ、司令部から緊急指令が。それは地球に宣戦布告をした「火星の後継者」を名乗る叛乱軍のせん滅に向かえというものだった。ルリ、ハーリー、サブロウタたちおなじみのナデシコクルーは、新艦長を助けながら一路火星へ向かったが…。ＤＣ用ゲーム「機動戦艦ナデシコ　ＮＡＤＥＳＩＣＯ　ＴＨＥ　ＭＩＳＳＩＯＮ」のために描かれた、新作アニメパートのストーリーブック。