すべての自然には神が宿り、人はその恵みによって生かされている、と信じられていた縄文の時代。数千年続いたその平和を脅かす、新来の弥生の民との闘いの火ぶたが、今まさに切られようとしていた、その時―。縄文のムラと、弥生のクニに、それぞれの時代の命運を握る、ふたりの少年が現れた。動物のカムイに育まれ、ムラの救い主になるべく宿命づけられたポイシュマ。女王ヒメカの甥であるにもかかわらず、クニを逐われるワカヒコ。ふたりの出会いが、また新たなる運命の歯車を回していく―。