高校三年生の春、草薙出雲は、周囲から「猛獣」と恐れられる新入生・周防尊と出会う。二人の前に姿を現すようになった中学生の十束多々良を加え、三人は草薙の叔父が経営する鎮目町のバーＨＯＭＲＡに集まるようになる。次第にＨＯＭＲＡは、彼らと彼らを慕う若者たちの拠点となっていった。だが、“赤の王”に憧れる闇山光葉の登場によって、鎮目町の状況は一変する。仲間が次々と危害を加えられ、周防はついに闇山の挑戦を受ける―。「猛獣ミコト」が檻を突き破ったとき、頭上に大剣が出現する！