西暦９９５年京都、藤原道長と安倍晴明の密談により、大江山に棲まう鬼・酒呑童子の討伐を命じられた源頼光。三日月宗近ら刀剣男士の活躍で無事に任務が完了したはずだったが、酒呑童子の最期の呪いを受けた山姥切国広が姿を消してしまう―。西暦２０１２年東京、高校生・琴音は禍々しい影と戦う、一振りの太刀と出合う。戸惑いながらも、不思議な声に導かれるままに口にした言葉は…「―三日月宗近」１０００年の時を越え、届いた念いとは？守るべき歴史とは！？今、刀剣男士の新たな戦いが始まる！！