ザイバツに囚われてしまったユカノ。その彼女を賓客として迎えるザイバツのグランドマスター、パラゴンは、ユカノにロードの尊さ、ザイバツの理念、そしてニンジャ千年王国について熱く語る。その内容にユカノは、大きく惑わされてしまうのだった。その夜、ユカノの寝所にタカギ・ガンドーが現れる。ニンジャスレイヤーの友達と挨拶したガンドーに驚きつつも、ユカノは彼の話に耳を傾けるのだった。数日後、ユカノとの連絡手段を確保したニンジャスレイヤーとガンドーは、ユカノとキョート城への侵入、そして彼女を救出する計画をまとめる。そうして迎えた侵入計画決行の前夜、眠るユカノの夢の中にとあるニンジャが現れ、彼女にニンジャスレイヤーに関わる不吉な予言を語り始めるのだった−−。