北太平洋でアメリカ海軍機動部隊の空母四隻を屠った日本海軍連合機動部隊は、返す刀で第二次真珠湾攻撃を敢行する。しかし、ハワイ・オアフ島にアメリカ軍の姿はなかった。真珠湾を放棄し、ハワイ島の秘密基地に立てこもり、ゲリラ戦を仕掛けてきたのだ。一方、山本五十六連合艦隊司令長官の命のもと、戦艦「大和」を旗艦とする別働隊は、パナマ運河特攻に出撃する。果たして、鉄壁の守りが固められたパナマ運河攻略はなるか？最後の闘いが始まる。