青年クレイが再就職した“ミスター・ペナンブラの２４時間書店”は不思議な店だった。ろくに客も来ないのに終日営業で、本棚のあちこちに暗号で書かれた謎の本があり、少数の顧客がそれを借りていくのだ。クレイは友人やコンピュータに助けられ本の解読に挑むが、それは五百年ものの謎を解く旅の始まりだった！謎解き、冒険、友情その他盛りだくさんの爽快エンターテインメント。