邪悪な特権階級に支配された未来の世界で、スパイダーマン２０９９ことミゲル・オハラが立ち上がる！ここは我々がよく知る地球とは別の世界、アース２０９９。時は２０９９年…大都会ヌエバヨークの平和を守るのは、この世界で唯一無二のスパイダーマンこと、ミゲル・オハラだ！多くの人々が暮らすこの街は、特権階級“カバル”によって支配されていた。アベンジャーズを倒したうえ、警察を手懐けて市民に暴力を振るい、暴虐の限りを尽くす彼らに一人で立ち向かうミゲル。謎に包まれたカバルの背後にいる、大物ヴィランの正体とは？そして、彼らの真の目的とは何なのか！？スパイダーマン２０９９の物語が始まる！