インペリウム魔法学園。大陸で唯一の魔法学園にして、大陸を分かつ六国が六系統の魔法を武器に神樹の魔力、ひいては次の世界の覇権を争う戦場でもある。しかし、そこに現れる一つの影―全魔法士の仇敵“ニンジャ”。「ユウマ、お前には魔法学園に行ってもらう」「いや、俺ニンジャなんだけど！」なぜか魔法学園に潜入することになった名門一族の次期当主・御影ユウマは、入学試験を飛び越え例外生として白魔法クラスに所属することに成功する。そこで工作の最中出会った美少女魔法士・アルフティアと行動を共にすることになり…！？大忍術師の暗躍譚、開幕。